La ZPS Sologne bourbonnaise a été animée par la Ligue pour la protection des oiseaux (LPO) Auvergne-Rhône-Alpes jusqu'en 2023, notamment grâce au formidable travail de Sophie DE PIERI et Floreen DAUNAS.
À partir de 2024, le transfert de compétence de l'État à la Région AURA dans le cadre de la "loi 3DS" a entrainé une restructuration dans l'animation des sites Natura 2000 : les sites hors périmètre de Parcs naturels régionaux, et ceux non retenus pour une animation directe par la Région AURA, sont à présent animés principalement par les Conservatoire d'espaces naturels (CEN). C'est donc le CEN Allier qui, depuis janvier 2024, est animateur de la ZPS Sologne bourbonnaise. Le nouvel animateur s'appelle Cyril COTTAZ.
